En los últimos años Juan Pablo II ha sido el blanco de al menos tres atentados programados por grupos terroristas que no alcanzaron su objetivo, han revelado fuentes políticas y de prensa

Al Qaeda, la red liderada por Osama bin Laden, planeó asesinar a Juan Pablo II al menos dos veces en la década del '90 en Filipinas.

Según reveló The Sunday Times en base a algunos documentos obtenidos de los servicios secretos del gobierno filipino. Los intentos de asesinatos contra el Papa fueron planeados por uno de los hombres más cercanos al millonario saudita, que también habría sido uno de los cerebros de los atentados del 11 de septiembre del 2001 contra Estados Unidos.

De acuerdo a la publicación británica, el primer atentado previsto contra el Pontífice se remonta a enero de 1995, mientras que el segundo intento fue planeado en 1999, aunque en esa ocasión el viaje del Papa fue postergado. En ambos casos los ataques, que se realizarían con bombas o utilizando a francotiradores armados con fusiles de alta velocidad y precisión, habrían sido preparados por Halid Sheij Mohammed, un hombre de confianza de Bin Laden que se encuentra entre los terroristas más buscados del mundo y cuya recompensa por su captura se sitúa en más de US$ 25 millones.

Los planes de Mohhamed habrían fracasado porque una de las bombas explotó antes de lo previsto en la vivienda del sobrino de Mohammed, Ramzi Yusef, en Manila. Tras estos hechos. Yusef huyó a Pakistán, donde fue detenido y extraditado a Estados Unidos. En ese país fue condenado a cadena perpetua por haber participado en el primer atentado contra el World Trade Center en 1993.

En mayo 1981 el Papa resultó gravemente herido en el abdomen tras un atentado perpetrado por el terrorista turco Mehmet Ali Agca: debió permanecer hospitalizado durante dos meses y medio. Dos días antes de las Navidades de 1983, se reunió con Ali Agca en la celda que éste ocupaba en Roma. Hasta el presente, Juan Pablo II no ha revelado el contenido de la conversación con su atacante. Otros aseguran que Ali Agca le manifestó su arrepentimiento.

Poco después de los atentados del 11 de septiembre, el diario norteamericano The Washington Post reveló que el 6 de enero de 1995, una semana antes de la visita de Juan Pablo II a Filipinas, la policía de Manila detectó una alarma de incendio en un edificio cercano a la ruta por donde pasaría el Papa. De esta forma, cuando las autoridades fueron a inspeccionar el lugar se encontraron con el joven paquistaní Abdul Hakim Murad y un arsenal de bombas de distintos tipos.

Luego, Murad fue arrestado y poco después confesó a agentes de inteligencia el plan para matar al Papa. El joven paquistaní dijo que uno de sus compañeros de departamento era Ramzi Yusef y que uno de ellos se desfrazaría de sacerdote y trataría de accionar una bomba cuando se acercara a besar a Juan Pablo II